Si bien es cierto que la habilitación de albergues para quienes regresan del exterior permitió contener el avance del coronavirus en la comunidad, esta estrategia no necesariamente ha protegido el derecho fundamental de la salud de las personas albergadas. El doctor Guillermo Sequera, director de Vigilancia de la Salud, reconoció que al menos 20% de las personas que ingresan a estos lugares se contagian allí. Define el modelo de esta manera: «Exponer al riesgo a pocos para evitar el riesgo a muchos».
Desde marzo, personas albergadas denunciaron que se contagiaron de covid-19 como consecuencia de la estrategia, además del hacinamiento y malas condiciones de higiene. Hasta el 26 de junio, un total de 8.334 paraguayas y paraguayos pasaron por los albergues.