Según el ministro de Salud, Julio Borba, hasta el 23 de junio el Ministerio de Salud tenía un déficit de 221.000 millones de guaraníes para cubrir la demanda de hospitalizaciones de pacientes covid-19 que son derivados a sanatorios privados. Esto supera ampliamente la cobertura de 96.000 millones prevista. Mientras que el déficit para cubrir la ley Gasto Cero hasta esa fecha alcanzaba los Gs. 153.000 millones.
Borba estimó que para los próximos meses se necesitan 20 millones de dólares al mes para cubrir los gastos sanitarios, lo que equivale a 120 millones de dólares hasta diciembre. Por su parte, el ministro de Hacienda, Óscar Llamosas, refirió que en total se requieren USD 400 millones para Salud, un monto que no tiene financiamiento asegurado.
A comienzos de septiembre de 2020, el ministerio firmó convenios con sanatorios privados para derivar pacientes covid-19 que requieran terapia intensiva cuando no haya disponibilidad de UTI en los hospitales públicos. Este convenio implica que el ministerio pagará Gs. 5 millones por cama convencional y 13 millones por cama de terapia intensiva por día y por paciente. Hasta la fecha son 19 los sanatorios con convenios vigentes.